На новом месте Преосвященный Иаков заботился о распространении грамотности среди якутского населения, об устройстве народных школ и библиотек. 10 февраля 1884 года Святейший Синод принял указ о возрождении Якутской духовной семинарии. В 1885 году при Спасском мужском монастыре города Якутска была открыта миссионерская школа (училище) с пансионом. В 1886 году Архирей начал при духовной семинарии 2 раза в месяц издавать «Якутские епархиальные ведомости».

9 апреля 1886 года инициировал, при поддержке губернатора К.Н. Светлицкого, создание бесплатной городской публичной библиотеки-читальни в Якутске. Для библиотеки он подарил несколько сот книг, пожертвовал крупную сумму денег на покупку книг, а также личные средства на выписку журналов и газет и на жалование библиотекарю. 

В 1888 году в Якутске им было учреждено епархиальное женское училище, в котором обучались как дети местного духовенства, так и якуты.

 
В годы его епископства в епархии было создано 18 церковно-приходских школ и построено 6 церквей.

Владыка стал известен как неутомимый работник, ревностный проповедник христианства среди якутов и как писатель по истории русского проповедничества. Деятельность владыки по распространению и утверждению Православия простиралась и за пределы епархии: в частности он пожертвовал 1310 рублей на нужды Православного Палестинского Общества.