В 1605 году герцог Иоанн III умер и ему наследовали восемь его сыновей.
Старший из сыновей Иоганн Эрнст — герцог Саксен-Веймарский, выдающийся полководец времён Тридцатилетней войны.
В 1615 году Иоганн Эрнст достиг совершеннолетия, и стал правителем герцогства и опекуном младших братьев. 24 августа 1617 года на похоронах своей матери в замке Хорнштайн Иоганн Эрнст основал «Плодоносное общество» и стал его первым членом. Во время своего правления Иоганн Эрнст продвигал идеи реформирования образования, сформулированные Вольфгангом Ратке.
В 1620 году Иоганн Эрнст пошёл на службу к Фридриху Пфальцскому, принявшему корону Чехии как глава Евангелической унии, а после его поражения в битве на Белой горе 8 ноября 1620 года отказался безусловно покориться императору, и в наказание был лишён своих владений и опекунства над младшими братьями.
Став ярым противником Габсбургов, Иоганн Эрнст сначала воевал в Нидерландах, затем стал генерал-лейтенантом кавалерии у датского короля Христиана, и во время Тридцатилетней войны воевал в Вестфалии и Нижней Саксонии, в 1626 году покорил почти всю Силезию, но был разбит Валленштейном и пробился в Западную Венгрию (ныне — австрийский Бургенланд), где и умер.