Макар Андреевич участвовал в Великой Отечественной войне с июня 1941 года. Участие в ВОВ Макар Андреевич закончил освобождением северной Норвегии. За боевые заслуги в защите и освобождении Советского Заполярья в 1944 году М.А. Бабиков был удостоен двух орденов «Красного Знамени» и медали «За оборону Советского Заполярья».

 
После завершения полного разгрома Германии в мае 1945 года, главстаршина М.А. Бабиков продолжал службу на Тихоокеанском флоте и участвовал в разгроме милитаристской Японии. За образцовое выполнение задания командования в сейинской десантной операции и проявленные мужество и отвагу Указом Президиума Верховного Совета СССР от 13 сентября 1945 года М.А. Бабикову было присвоено звание Героя Советского Союза.