В 1919 г. Ш.А. Худайбердин возвращается в Уфу и принимает самое деятельное участие в строительстве Советского Башкортостана. В апреле становится политкомиссаром 2-го башкирского кавалерийского полка, затем сотрудником политотдела Южной группы войск, член Совета военной обороны Стерлитамакского укрепленного района. В июне назначается представителем Башвоенкомата при 25-й стрелковой дивизии под командованием В.И. Чапаева.9 июня 1919 г. Красная Армия освобождает Уфу от армии Колчака. Ш. Худайбердин назначается членом Уфимского губернского Временного революционного комитета и председателем мусульманской секции при губкоме РКП (б) (Российская коммунистическая партия (большевиков). 1920 г. Ш.А. Худайбердина направляют для работы в Бурзян-Тангауровский кантон. Здесь он исполняет обязанности председателя кантисполкома, секретаря канткома РКП (б) и продовольственного комиссара кантона. Участвует в мирном урегулировании Бурзян-Тангауровского восстания.
1921–1924 гг. В на I Всебашкирском съезде Советов Шагит Худайбердин избирается членом БашЦИКа (центральный исполнительный комитет). В 1921–1922 гг. работает председателем БашЦИКа и первым секретарем Башкирского обкома РКП (б), заместителем наркома земледелия, с августа 1923 г. до конца жизни руководит Наркоматом внутренних дел БАССР. Избирался делегатом Х и XI съездов РКП (б), Всероссийский конференции РКП (б), Всероссийского и Всесоюзного съездов Советов. В марте 1921 г. участвовал в подавлении Кронштадтского восстания, за что награжден орденом Боевого Красного Знамени. В 1924 г. избирается членом ЦИК СССР и членом Совета Национальностей ЦИК СССР.21 декабря 1924 г. Шагит Ахметович Худайбердин скончался после операции в Москве. Ныне его прах покоится в парке имени В. Ленина. Национальный вопрос и национальная политика занимали большое место в деятельности Ш.А. Худайбердина, и он по праву стоит в авангарде выдающихся работников Башкирии, готовивших почву для развития одной из первых в России национальных республик — Башкирской советской республики. Им много сделано по приданию башкирскому языку статуса государственного языка республики. Огромную и кропотливую работу он проделал на должности председателя Административной комиссии БашЦИКа по созданию в 1922 г. Большой Башкирии: определения ее границ и деление на кантоны. Несмотря на занятость важными государственными делами, Шагит Ахметович находит время для литературного творчества. Его литературное наследие невелико по объёму. За период с 1917 по 1924гг. он опубликовал в газетах более тридцати рассказов, стихотворений, публицистических статей, очерков и произведений мемуарного характера.
