Воевал на Западном, Брянском, 1-м Белорусском и 2-м Белорусском фронтах.

 
В Великую Отечественную войну дважды был ранен: тяжелое ранение 1 октября 1941 года (сквозное пулевое ранение лица и проникающее ранение грудной клетки) и легкое — 9 марта 1944 года (касательное осколочное ранение тканей бедра).

 
В наградном листе Зайцеву дается следующая характеристика: «Во время прорыва глубоко эшелонированной обороны противника на левом берегу реки Одер и дальнейшего преследования отступающего противника товарищ Зайцев Н.Р., работая начальником штаба, организовал четкую работу штаба. Имея постоянно сведения о противнике и держа взаимную связь с соседними частями, своевременно ставил задачу подразделениям на ведение боя. Взаимной информацией с подразделениями быстрым и правильным решением обеспечивал успех подразделениям. Правильной расстановкой сил и умелым взаимодействием родов войск товарищ Зайцев обеспечил выдающееся руководство, в результате чего оборона противника была прорвана. Полк захватил ряд населенных пунктов, а 19 апреля 1945 года занял город Врицин».

 
Никита Романович Зайцев был награжден орденом Красного Знамени (30.12.1956 г.), дважды — орденом Красной Звезды (21.10.1944 и 20.06.1949 гг.), орденом Отечественной войны I степени (4.06.1945 г.), медалью «За боевые заслуги» (03.11.1944 г.), медалью «За Победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 года» и другими наградами.