Успех экспедиции отмечен статьей в газете «Правда» 15 сентября 1937 г. и премиями НКЗ СССР всем её участникам. 21 октября Л.А. Зильбера представили к награждению Орденом Красного Знамени.

В ноябре 1937 г. начальник экспедиции и двое участников были арестованы по обвинению в попытке распространить японский энцнфалит в водопроводе Москвы и в войсках ОКДВА. Виновность никто не признал. 

По возвращении из экспедиции Директор института, которому подчинялась лаборатория вирусологии, созданная Л. Зильбером, Музыченко, отказался принимать привезенный материал, выдвинув  обвинение, якобы, он планировал отравить московский водопровод дальневосточным вирусом, чтобы заразить население. Сегодня точно известно, что клещевой энцефалит не передаётся через воду, как возбудитель холеры, например. НКВД возбудило уголовное дело. Доказательством обвинения в шпионаже, измене родине и диверсионных атаках стал запрос Зильбера на покупку обезьян в Японии и образцы японского энцефалита. 

Л.А. Зильбер проведёт следующие полтора года в тюрьме, будет освобожден в июне 1939 г. Микробиолог А.Д. Шеболдаева и инфекционист Т.М. Сафонова получат свободу через 15 лет. Все трое большую часть времени заключения работали в лагерных санчастях как врачи.

Постановление Совета Народных комиссаров СССР № 526 от 13 марта 1941 г. за открытие в 1939 г. возбудителей человека, известных под названием «Весенне-летний и осенний энцефалиты» и за разработку успешно применяемых методов их лечения, одобренных Наркомздравом СССР Сталинская премия первой степени были награждены Павловский Е.Н., Смородинцев А.А., Левкович Е.Н., Петрищева П.А., Чумаков М.П., Соловьев В.Д., Шубладзе А.К. Это была первая Сталинская премия, присужденная в области медицинских наук.

Первая публикация об этиологии клещевого энцефалита и выделении возбудителя болезни появилась в 1938 г. в журнале «Архив биологических наук», 1938,т. 52, в. 1,с. 162–183. Авторами статьи «Этиология весенне-летнего эпидемического энцефалита» являлись Е.Н. Левкович, А.К. Шубладзе, М.П. Чумаков, и В.Д. Соловьев. Через 20 лет в журнале «Вопросы вирусологии» (1957, № 3, с. 191) было опубликовано письмо этих авторов с предложением внести изменения в состав авторского коллектива и отныне указывать: Л.А. Зильбер, Е.Н. Левкович, А.К. Шубладзе, М.П. Чумаков, В.Д. Соловьев, А.Д. Шеболдаева.

В 1939 г. состоялась Всесоюзная конференция микробиологов, эпидемиологов и инфекционистов, на которой были представлены и обсуждены результаты работы трех экспедиций во всех ее аспектах — этиологии, эпидемиологии и терапии заболевания.

Основные доклады были сделаны руководителями экспедиций — Л.А. Зильбером, А.А. Смородинцевым и Е.Н. Павловским, ведущими вирусологами Е.Н. Левкович и М.П. Чумаковым (Шаповал, 2001).

Книга Л.А. Зильбера (1945) «Эпидемические энцефалиты» была издана и удостоена в 1946 г. Сталинской премии II степени.