В архивных данных Высокогорской Пустыни за 1891 год говорится, что у обители имелись 2 лесных дачи: Абрамовская в 6 верстах от Пустыни и Никольская в — 35 верстах. В других документах они фигурируют под названием «ближний» и «дальний» лес. В «дальнем» лесу старец построил небольшой домик. Указом Духовной Консистории от 16 ноября 1907 года архимандрит Софроний уволился на покой от должности настоятеля Высокогорской Пустыни, и с начала 1908 года поселялся в лесной глуши. Рядом со старцем поселились его 4 послушника, а немного поодаль был построен корпус с домовым храмом, где жили 12 девушек, в основном дочери его духовных чад, в последствии принявшие иночество.

 
26 июля 1908 года в Пустыни состоялось освящение храма в честь Господа нашего Иисуса Христа, во ад сошедшего и Собою вся воскресившего. После кончины старца в 1921 году, преосвященным Михаилом, епископом Арзамасским, официально здесь была образована Иверско-Софрониева община, в честь иконы Божией Матери «Иверская» и святителя Софрония, Патриарха Иерусалимского. Иверско-Софрониева община просуществовала до 1929 года. Еще при жизни о. Софроний предсказывал, что на месте пустыньки будет большой монастырь. 

Возможно, это предсказание сбывается на наших глазах. В начале 90-х, по инициативе жителей близлежащих сел обитель начала возрождаться. Селяне разбирали старые покинутые дома и перевозили в пустынь. Из них были построены церковь, часовня, два дома, скотный двор, баня. В возрождении святыни принимали участие предприятия города, и района, но к концу 90-х процесс затих.

К 2000 году женский скит Валаамского монастыря был преобразован в мужской. Создавшейся к этому времени женской общине было предложено найти другое подходящее место для его размещения. После некоторых поисков нового пристанища, промыслом Божиим стало известно о существовании и возможности поселиться в Софрониевой Пустыни, где в то время проживало лишь несколько трудников-сторожей.

 
Через год после новоселья общину постигло новое испытание: из-за неисправности печных труб случился пожар, в результате которого полностью сгорел молитвенный дом, использовавшийся как храм. Спасти удалось лишь Святые Дары, богослужебные сосуды из алтаря и местночтимую икону «Утоли моя печали» висевшую когда-то в храме в обители о. Софрония.

 
Когда же новым архиереем назначили владыку Георгия, община получила от него благословение в начале на временное, а после на постоянное проживание. Обители был выдан Антиминс для совершения Божественной Литургии. Служба началась в обустроенном в сестринском корпусе домовом храме. В неделю Торжества Православия, Великим Постом 2003 года обитель посетил владыка Георгий вместе с духовенством Нижегородской епархии, мэром и представителями городской Думы Арзамаса. Епископом Георгием была совершена Лития на могиле архимандрита Софрония. Вскоре состоялась закладка нового храма обители.